חרדות ופוביות מביאות את האדם להימנע ממצבים או אובייקטים מסוימים תוך צמצום באפשרויותיו ובמיצוי חייו. למרות הדמיון בתוצאה, הטיפול שונה עבור שתי ההפרעות.
בטיפול בחרדות, משתמשים בקינסיולוגיה תשאולית כדי לזהות במדויק את המצבים והאובייקטים המעוררים את החרדה. כמו בן משתמשים בשיטה כדי לזהות ממה החרדה שומרת על האדם הסובל ממנו. ברגע שדברים אלה מובאים למודעות כבר יש הקלה בסימפטומים. בטיפולים בהמשך ניתן לעזור לאדם לרכוש כלים כדי ללכת אחרי רצונותיו ללא חשש.
גם פוביות שומרות על האדם ממצבים או אובייקטים מסוימים, אך כאן הבעיה השתרשה עמוק בגוף האנרגטי. נדרשת עבודה בגוף האנרגטי (נקודות לחץ אקופרסורה) כדי להוציא את התגובה הלא נשלטת מהאדם. בנוסף אם המטופל מצא תועלת משנית לתופעה, ניתן להיעזר בקינסיולוגיה התשאולית כדי לזהות את התועלת ולספק למטופל חלופות בריאות יותר.
